國(guó)內(nèi)首創(chuàng)!破解遺傳解讀難題,華大智造提供“技術(shù)-標(biāo)準(zhǔn)-合規(guī)”技術(shù)支撐
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隨著高通量測(cè)序技術(shù)的普及與成本下降,海量的基因組數(shù)據(jù)正在以前所未有的速度累積。然而,如何科學(xué)、準(zhǔn)確、可溯源地解讀這些數(shù)據(jù),成為臨床轉(zhuǎn)化和監(jiān)管審評(píng)的關(guān)鍵挑戰(zhàn)。傳統(tǒng)方法依賴于有限位點(diǎn)的臨床驗(yàn)證,面對(duì)高通量基因測(cè)序產(chǎn)生的大量臨床意義未明變異(VUS),難以支撐臨床有效性判定與監(jiān)管需求。因此,建立權(quán)威、可驗(yàn)證的高質(zhì)量參考標(biāo)準(zhǔn),已成為臨床、科研與監(jiān)管領(lǐng)域的共同課題。
近日,華大智造楊夢(mèng)團(tuán)隊(duì)攜手中檢院等國(guó)內(nèi)多家頂級(jí)機(jī)構(gòu)在 HumanGenetics 國(guó)際權(quán)威期刊發(fā)表文章,發(fā)布了基于聯(lián)盟區(qū)塊鏈技術(shù)的多中心基因變異注釋與協(xié)作框架BRCA-CN,開(kāi)創(chuàng)性地實(shí)現(xiàn)了跨機(jī)構(gòu)間從質(zhì)控提交、專家評(píng)審到共識(shí)解讀的全流程可信管理與溯源,全流程上鏈、不可篡改、合規(guī)可審計(jì),為遺傳變異解讀監(jiān)管級(jí)別參考標(biāo)準(zhǔn)庫(kù)建設(shè)提供了全新范式。
通過(guò)區(qū)塊鏈的“去中心化、不可篡改、可溯源”特性,BRCA-CN有效解決了數(shù)據(jù)孤島、質(zhì)量不均與缺乏標(biāo)準(zhǔn)化的問(wèn)題,為多中心協(xié)作提供可信基礎(chǔ)。
其核心成果包括:
高質(zhì)量參考數(shù)據(jù)庫(kù):融合來(lái)自6家實(shí)驗(yàn)室的66,485個(gè)位點(diǎn)數(shù)據(jù),經(jīng)全流程質(zhì)控,最終形成950個(gè)位點(diǎn)的高質(zhì)量參考標(biāo)準(zhǔn)集。
解讀一致性提升:15位權(quán)威專家依據(jù)ACMG/AMP標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行多輪共識(shí)評(píng)審,顯著降低VUS比例,下降幅度達(dá)10.8%。
本土人群價(jià)值:發(fā)現(xiàn)8個(gè)中國(guó)人群潛在特有創(chuàng)始突變和新的致病突變,為中國(guó)隊(duì)列研究與臨床實(shí)踐提供關(guān)鍵參考。
國(guó)際數(shù)據(jù)庫(kù)差異:鑒定出16個(gè)ClinVar尚未收錄的新致病突變,構(gòu)建更貼近中國(guó)人群特征的參考標(biāo)準(zhǔn)。
為什么需要自建高質(zhì)量參考標(biāo)準(zhǔn)庫(kù)?
在基因檢測(cè)產(chǎn)品進(jìn)入臨床應(yīng)用之前,需經(jīng)過(guò)國(guó)家藥監(jiān)局的性能評(píng)估與臨床有效性審查。類似于海外官方機(jī)構(gòu)依賴認(rèn)證數(shù)據(jù)庫(kù)作為高通量測(cè)序技術(shù)檢測(cè)的評(píng)估參照,中國(guó)同樣迫切需要一個(gè)權(quán)威、可追溯、多方共建的變異解讀數(shù)據(jù)庫(kù)。長(zhǎng)期以來(lái),我國(guó)臨床檢測(cè)在一定程度上依賴國(guó)際數(shù)據(jù)庫(kù)。然而,大量研究顯示中國(guó)人群在變異譜系上與歐美人群存在顯著差異,且國(guó)際數(shù)據(jù)庫(kù)存在更新滯后、非標(biāo)準(zhǔn)化問(wèn)題和“卡脖子”斷供風(fēng)險(xiǎn)。這一現(xiàn)狀凸顯出建立本土高質(zhì)量參考標(biāo)準(zhǔn)庫(kù)的必要性。
2019年,由中國(guó)食品藥品檢定研究院牽頭,華大智造提供區(qū)塊鏈技術(shù)支持,聯(lián)合吉因加、艾德生物、華大基因、泛生子等多家行業(yè)領(lǐng)域單位,共同啟動(dòng)并發(fā)布了“區(qū)塊鏈技術(shù)助力共建中國(guó)人群基因變異解讀標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)庫(kù)”建設(shè)計(jì)劃。該計(jì)劃旨在通過(guò)區(qū)塊鏈與密碼學(xué)技術(shù),構(gòu)建公開(kāi)、可追溯、不可篡改、符合倫理要求并接受監(jiān)管的解讀標(biāo)準(zhǔn)。在精準(zhǔn)醫(yī)療時(shí)代背景下,這一多方協(xié)作的大數(shù)據(jù)范式,將實(shí)現(xiàn)“共有、共享、共為”,并形成臨床檢測(cè)與臨床解讀的標(biāo)準(zhǔn)化示范。
如今,BRCA-CN安全多方協(xié)作機(jī)制不僅提升解讀的一致性,更為構(gòu)建自主可控的參考工具提供了有力支撐。
技術(shù)創(chuàng)新 標(biāo)準(zhǔn)先行
華大智造始終以“生命科技核心工具締造者”為使命,在持續(xù)推動(dòng)技術(shù)創(chuàng)新的同時(shí),深度參與諸多國(guó)家及行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)的制定。2022年10月17日,國(guó)家藥監(jiān)局發(fā)布了《BRCA基因突變檢測(cè)試劑盒及數(shù)據(jù)庫(kù)通用技術(shù)要求(高通量測(cè)序法)》(標(biāo)準(zhǔn)編號(hào):YY/T 1865—2022)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn),并于2023年10月1日起正式實(shí)施!
標(biāo)準(zhǔn)由全國(guó)醫(yī)用臨床檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室和體外診斷系統(tǒng)標(biāo)準(zhǔn)化技術(shù)委員會(huì)歸口,中國(guó)食品藥品檢定研究院主導(dǎo)牽頭,聯(lián)合華大智造、北京市醫(yī)療器械檢驗(yàn)研究院、達(dá)瑞生物、吉因加、華大基因、思路迪、艾德生物、泛生子、燃石醫(yī)學(xué)、和瑞基因等多家機(jī)構(gòu)共同制定。標(biāo)準(zhǔn)明確了BRCA基因突變檢測(cè)試劑盒及數(shù)據(jù)庫(kù)的核心要求,包括試劑盒性能指標(biāo)、數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)成與規(guī)范、數(shù)據(jù)管理和解讀標(biāo)準(zhǔn)。其建立為合理、全面評(píng)估產(chǎn)品的性能、安全性和有效性提供了統(tǒng)一依據(jù),也為臨床有效性驗(yàn)證提供參比標(biāo)準(zhǔn),成為我國(guó)BRCA基因變異解讀的重要行業(yè)規(guī)范。
然而,僅靠標(biāo)準(zhǔn)仍難以完全解決跨機(jī)構(gòu)間解讀不一致及共識(shí)評(píng)審受限等難題。為此,基于區(qū)塊鏈技術(shù)構(gòu)建的BRCA-CN框架應(yīng)運(yùn)而生。該框架通過(guò)多專家共識(shí)評(píng)審、數(shù)據(jù)確權(quán)與溯源機(jī)制,有效破解了因位點(diǎn)有限、認(rèn)知局限而導(dǎo)致的解讀瓶頸,以及不同變異位點(diǎn)標(biāo)準(zhǔn)不統(tǒng)一的問(wèn)題。為高通量測(cè)序儀產(chǎn)生的海量變異數(shù)據(jù)建立了可信、合規(guī)的監(jiān)管新范式,為遺傳病解讀與臨床應(yīng)用奠定堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。
值得一提的是,2023年5月23日,《區(qū)塊鏈和分布式記賬技術(shù) 參考架構(gòu)》(標(biāo)準(zhǔn)編號(hào):GB/T 42752-2023)國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)正式發(fā)布,并于2023年12月1日正式實(shí)施。這是我國(guó)首個(gè)獲批發(fā)布的區(qū)塊鏈技術(shù)領(lǐng)域國(guó)家標(biāo)準(zhǔn),進(jìn)一步加快了我國(guó)區(qū)塊鏈標(biāo)準(zhǔn)化進(jìn)程,為區(qū)塊鏈產(chǎn)業(yè)高質(zhì)量發(fā)展奠定了基礎(chǔ)。華大智造作為主要起草單位之一參與了此標(biāo)準(zhǔn)的編制,華大智造高級(jí)副總裁楊夢(mèng)博士為主要起草人之一。
AI+ “智”動(dòng)解讀未來(lái)
華大智造正在進(jìn)一步推動(dòng) AI與區(qū)塊鏈、密碼學(xué)的深度融合。區(qū)塊鏈為數(shù)據(jù)協(xié)作提供可信、可追溯和合規(guī)共享的保障;AI模型則在變異分類、VUS自動(dòng)化識(shí)別及潛在致病機(jī)制挖掘方面展現(xiàn)出巨大潛能。
正如論文通訊作者、華大智造高級(jí)副總裁楊夢(mèng)博士在接受DeepTech專訪時(shí)所強(qiáng)調(diào)的:“華大智造始終以‘智’為核心發(fā)展理念,持續(xù)優(yōu)化底層算法、升級(jí)智能平臺(tái)架構(gòu),并構(gòu)建覆蓋全流程的智慧化解決方案?!?/span>
BRCA-CN不僅是一項(xiàng)技術(shù)實(shí)踐,更是監(jiān)管科學(xué)在基因領(lǐng)域的一次系統(tǒng)性突破。驗(yàn)證了“技術(shù)-標(biāo)準(zhǔn)-合規(guī)”三位一體的創(chuàng)新路徑,為中國(guó)人群遺傳病診斷提供了關(guān)鍵基礎(chǔ)設(shè)施,也為全球精準(zhǔn)醫(yī)療貢獻(xiàn)了系統(tǒng)化的中國(guó)方案。未來(lái),華大智造將繼續(xù)通過(guò)構(gòu)建軟硬結(jié)合的數(shù)據(jù)要素基礎(chǔ)設(shè)施,推進(jìn)區(qū)塊鏈+人工智能在醫(yī)療數(shù)據(jù)領(lǐng)域的融合應(yīng)用,構(gòu)建“可信、合規(guī)、智能”的數(shù)據(jù)協(xié)作生態(tài),探索全球精準(zhǔn)醫(yī)療領(lǐng)域的RWA生態(tài),釋放基因數(shù)據(jù)要素價(jià)值。
(審核編輯: 光光)
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