經(jīng)濟高效的單分子測序平臺能為人們提供很大的幫助,比如破解完整基因組序列、確定單倍型和鑒定mRNA可變剪接。為此,哥倫比亞大學(xué)的車靖岳(JingyueJu)和哈佛大學(xué)的GeorgeChurch教授合作開發(fā)了基于納米孔的單分子邊合成邊測序(SBS)系統(tǒng)。
他們給四種核苷酸分別標(biāo)記上不同的聚合物。聚合酶會將標(biāo)記的核苷酸添加到延伸中的DNA鏈上,同時釋放出聚合物標(biāo)簽。這些標(biāo)簽隨后通過納米孔,引起納米孔電流的改變。檢測這些標(biāo)簽造成的電信號差異,就可以準(zhǔn)確分辨相應(yīng)的堿基。
JingyueJu的GeorgeChurch的研究團隊最近對這一測序技術(shù)進行升級,打造了高通量的單分子納米孔測序平臺。這一重要成果發(fā)表在美國國家科學(xué)院院刊PNAS雜志上。JingyueJu是基因測序領(lǐng)域的專家,曾發(fā)明四色可逆終止子測序技術(shù)。GeorgeChurch被譽為是個人基因組學(xué)和合成生物學(xué)的先鋒。1984年Church等人發(fā)表了首個直接基因組測序方法,該文章中的一些策略現(xiàn)在仍應(yīng)用在二代測序技術(shù)中。此外,如今的多重化分子技術(shù)和條碼式標(biāo)簽也是他發(fā)明的,Church還是納米孔測序技術(shù)的發(fā)明者之一。
研究人員將聚合酶拴系在α-hemolysin納米孔上,在芯片上排出納米孔陣列。隨后他們用多重化的納米孔傳感器搭建了高通量的測序平臺。這個平臺使用多聚物標(biāo)記的核苷酸,可以在單分子水平上對多個DNA模板進行平行測序。研究人員通過這種方式獲得了實時的單分子測序數(shù)據(jù),分辨率達到了單堿基水平。
縱觀測序技術(shù)的發(fā)展歷程,沒有哪一個技術(shù)像納米孔測序那樣慢熱,但也沒有哪一個技術(shù)像納米孔測序這么接近普羅大眾。將單鏈DNA拉過蛋白孔,檢測堿基穿過時電導(dǎo)的微小改變,納米孔測序的這一基礎(chǔ)理念已經(jīng)有十幾年歷史了。從第一篇論文到納米孔測序的成形,這條道路并不是一帆風(fēng)順的。研究者們產(chǎn)生了很多分歧,也遇到了大量的技術(shù)死胡同。
美國亞利桑納州立大學(xué)Biodesign研究所的StuartLindsay及其同事,在納米孔DNA測序技術(shù)的基礎(chǔ)上,開發(fā)了能夠精確鑒定氨基酸的蛋白單分子測序技術(shù)。這一技術(shù)不僅可以用來在臨床上測序蛋白質(zhì)和檢測新生物指標(biāo),還有望給醫(yī)療領(lǐng)域帶來徹底的改變,在單分子水平上精確監(jiān)控患者對治療的應(yīng)答情況。
MinION是英國OxfordNanoporeTechnologies公司推出的一種掌上納米孔測序儀,方便攜帶也很便宜。它能讀取較長的基因片段,這有助于理解基因組的復(fù)雜區(qū)域。MinION還可以插入筆記本電腦的USB接口,在屏幕上顯示數(shù)據(jù)生成的過程。最近發(fā)表的研究顯示MinION相當(dāng)實用,能準(zhǔn)確測序小基因組(比如細菌和酵母基因組),區(qū)分親緣關(guān)系很近的細菌和病毒,讀取人類基因組的復(fù)雜區(qū)域等等。
(審核編輯: 滄海一土)
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